ISO的主要機構有：全體大會、理事會、技術管理局和中央秘書處。
全體大會是ISO最高權力機構，為非常設機構。ISO所有成員體、通信成員、注冊成員以及與ISO有聯絡關系的國際組織均可派代表與會，但只有成員體有表決權。
理事會是ISO大會閉會期間的常設管理機構。主要任務是：討論決定ISO工作中的重大問題;任命司庫、秘書長、政策制定委員會主席;選舉技術管理局(TMB)成員，并確定其職權范圍;審查通過ISO中央秘書處財務預決算。
理事會下設政策制定委員會、理事會常設委員會和特別咨詢委員會。
政策制定委員會有：合格評定委員會、消費者政策委員會和發展中國家事務委員會。
理事會常設委員會有：財務委員會、戰略委員會。
特別咨詢委員會由對國際標準化非常感興趣的其他組織的執行官組成。
技術管理局(TMB)是ISO技術工作的最高管理和協調機構。它的專門機構有：標準物質委員會、技術咨詢組和技術委員會。
中央秘書處負責ISO的日常事務，編輯出版ISO標準及各種出版物，代表ISO與其他國際組織聯系。